El iniciador de la Reforma protestante fue educado con gran rigor en su casa y en la escuela. El propio Lutero ha narrado como su madre le azotó hasta hacerle sangrar por haber comido una nuez sin permiso. Miembro de una familia de agricultores, había nacido en la localidad sajona de Eisleben el 10 de noviembre de 1483. La familia -sus padres se llamaban Hans Luther y Margarita Ziegler- se trasladó a la región minera de Mansfeld donde, tras unos primeros años de grandes esfuerzos, consiguió prosperar. Hans pudo dar a su hijo primogénito una buena educación, estudiando en Magdeburgo y Eisenach antes de iniciar la carrera de leyes en Erfurt. En la universidad de Erfurt conoció el joven Martín a Erasmo y en el verano de 1505, impresionado por una tormenta que le sorprendió en pleno campo, decidió hacerse monje, lo que no gustó al padre.
Ingresó como novicio en el convento agustino de Erfurt cuando tenía 22 años y empieza a enseñar filosofía al tiempo que estudia teología. En 1506 pronunció los votos religiosos y al año siguiente es ordenado sacerdote. En 1509 obtendrá el bachillerato en Teología en Wittenberg e iniciará su magisterio en la recién creada Universidad de Wittenberg. Será enviado a Erfurt como profesor de teología, interesándose por la reforma monástica que se estaba desarrollando en aquellos momentos.
En 1510 se traslada a Roma para impedir el proyecto de unificación de los conventos agustinos reformados con los no reformados. En la Ciudad papal no le hicieron mucho caso pero consiguió importantes indulgencias y contempló el poco ejemplar espectáculo de la Roma libertina del momento, impresionado por la ostentación y la decadencia religiosa de la corte papal.
A su regreso a Alemania se doctora en Teología (1512) e imparte clases sobre el Antiguo y Nuevo Testamento en la Universidad de Wittenberg. Sus clases tuvieron amplio eco entre los estudiantes y el duque elector Federico de Sajonia se convirtió en su incondicional protector. Durante estos años va desarrollando sus teorías teológicas, fijando sus tesis en 1517, ganando un amplio número de partidarios. Johannes Eck se convierte en uno de sus principales detractores e intenta poner la opinión pública en contra del reformador. Lutero y Eck se enfrentan dialécticamente en Leipzig donde Lutero es tachado de hereje debido a su concepto de Iglesia y su opinión de que la fe es lo único que justifica las acciones de los hombres, fe en el testimonio de la Sagrada Escritura y en el testimonio del Espíritu Santo. Según Lutero, la Iglesia con sus ceremonias y sus sacramentos no fomenta la fe, admitiendo sólo tres: penitencia, bautismo y comunión.
Su enfrentamiento con la Iglesia romana sube de tono cuando condena el pecado de simonía cometido por el Papa, que vendía indulgencias a cambio de limosnas y donaciones para terminar la construcción de San Pedro del Vaticano. En Alemania los dominicos defendían al Papa y amenazaron a Lutero. Éste terminó por refugiarse en Wittenberg, bajo la protección del elector de Sajonia, Federico. Allí pudo al fin publicar sus 95 proposiciones (31 de octubre de 1517) contra la autoridad del papa, los votos monásticos, el celibato, el culto a los santos, dogmas como la transubstanciación, el purgatorio y la eucaristía. Finalmente, expuso su teoría acerca de la justificación por la fe. En Roma, el papa León X condenó a Lutero con la publicación de la bula "Exsurge domine" a lo que éste contestó tildando de Anticristo al pontífice. La bula era quemada por el monje el 10 de diciembre de 1520 y el pontífice le excomulgaba. La división entre la Iglesia romana y Alemania estaba abierta.
La convocatoria de la Dieta de Worms en 1521 bajo la presidencia de Carlos V intentó suavizar la tensión, llamando a Lutero a declarar ante el emperador el 16 de abril. El monje no se retractó de sus escritos ni de sus actitudes por lo que fue declarado proscrito, ordenando que sus libros fueran quemados y enviándole a la cárcel. Federico de Sajonia se convirtió en su máximo defensor y refugió a Lutero en el castillo de Wartburg. Desde ese momento se dedicó a la traducción al alemán de la Biblia, instrumento fundamental para su concepción religiosa.
Lutero abandonó a su protector y se refugió en la universidad de Wittenberg donde continuó su enseñanza de la Biblia y orientó el movimiento reformista.
En 1525 la reforma vive uno de sus más graves momentos debido al estallido de la guerra entre campesinos y señores, motivada en parte por las tesis luteranas de igualdad de la cristiandad. En un principio los campesinos recibieron el apoyo del reformador pero Lutero pronto cambió de opinión y se puso del lado de los príncipes, animando a la represión de la revuelta. El prestigio del monje cayó muchos enteros y aparecieron nuevos líderes reformistas como Zwinglio, Carlostadio, Münzer y Storch, provocando la escisión de la reforma luterana con la aparición del anabaptismo. Lutero se trasladó a Wittenberg para imponer el orden, saliendo fortalecido del envite.
Para dar ejemplo de la abolición radical del celibato en 1525 se casó con una monja, Catalina de Bora -monja cisterciense veinte años más joven que había abandonado el monasterio-, naciendo seis hijos de este enlace.
En los siguientes años predicó su reforma por toda Alemania, organizó su Iglesia por ordenanzas de los príncipes alemanes y aseguró su triunfo en el pacto de Nüremberg de 1532, donde se concedía a la nueva religión el ejercicio público de su culto. La convocatoria del Concilio de Trento por el papa León X será contestada por Lutero con el escrito "Contra el Papado romano" al tiempo que iniciaba una predicación contra el papado por todo el territorio alemán. Tradujo al alemán la Biblia y la comentó. Escribió la "Exhortación a la paz", el "Catecismo alemán", la "Misa Alemana" y la "Kirchenpostille" entre otras obras.
Cansado, con la salud muy debilitada -debido a una lesión en la artera coronaria- y en parte decepcionado, los últimos años de Lutero le trajeron enfrentamientos con sus seguidores. Sus energías se agotaron cuando viajó a Mansfeld para mediar en las disensiones entre los señores de la ciudad. La enfermedad del mal de la piedra le provocó el fallecimiento en Eisleben, en 1546. En su entierro Melanchton pronunciaría su brillante elogio fúnebre.
